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El gobierno de Raúl Alfonsín debió enfrentar el problema de la transición a la democracia en el año 1983 posterior al Proceso de Reorganización Nacional, en un país con una larga tradición de gobiernos militares.

Una de sus primeras medidas fue enjuiciar a las Juntas Militares de la dictadura y a los dirigentes de organizaciones guerrilleras.  También creó la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONACEP) para investigar los hechos acontecidos y anuló la ley de auto amnistía promulgada por Reynaldo Bignone.

El gobierno de Alfonsín estuvo permanentemente amenazado por sectores de las Fuerzas Armadas que se negaban a aceptar el enjuiciamiento por violaciones a los derechos humanos durante el régimen militar anterior.

En octubre de 1984 las juntas militares pasan de ser juzgadas por el tribunal militar a ser juzgadas por un tribunal civil (la Cámara Federal). El nivel de conocimiento público que tomaron los casos represión ilegal y violación a los DDHH. (Dados a conocer por la CONADEP) provocó gran desconformidad dentro de las fuerzas armadas, y la relación que mantenía con el gobierno comenzó a empeorar cuando se tomaron las primeras medidas al respecto. Por otro lado se pensó que con los juicios a las juntas serían la solución al problema pero esto desató la apertura de otras causas contra los subordinados que hubieran cometido delitos de la misma índole. También los intentos del gobierno por influir en los fiscales limitándolos a denunciar solamente “los excesos” cometidos fracasaron.

A causa de esto en 1986 se promulgó la Ley de Punto Final, la que paralizaría todo proceso judicial contra los imputados de las FFAA, pero los fiscales hicieron caso omiso a esta ley, ante la posibilidad de que los delitos proscribieran, dando curso a las denuncias contra unos 300 oficiales del ejército de alto grado.

Lo que provocó  la sublevación de semana santa de 1987 donde nació el movimiento de los “carapintada” compuesta en su mayoría por jóvenes oficiales, los que demandaban una solución al problema y una reconsideración de las acciones cometidas por el gobierno militar. Éstos no cuestionaban al orden institucional directamente, sino a la misma conducción del ejército acusándola de abandonar a los subordinados. Mientras que los que habían dado las órdenes desde sus cargos superiores, seguían negociando su continuidad dentro de las FFAA. La sublevación de los “carapintada” logró trasladar la resolución del problema a través de una negociación con el gobierno y la jefatura militar, a fin de encontrar una solución favorable. Pero el gobierno debió negociar con los sublevados porque no contaban con un mecanismo de represión por parte del ejército. Y aunque la sociedad argentina se manifestó a favor del gobierno, esto no interfirió en el accionar de los “carapintada”.

Alfonsín se vio obligado a negociar la Ley de Obediencia Debida, la que estableció una presunción de que los hechos cometidos por los miembros de las fuerzas armadas, durante el Proceso de Reorganización Nacional, no eran reprochables por haber actuado en virtud de obediencia debida. Lo cual fue visto por la sociedad como un sometimiento ante la presión de los militares. 
 

La estrategia de Menem hacia los militares consistió en cambiar amnistías por subordinación. Cuando los indultos de promulgaron en octubre del 89, estos fueron aceptados con resignación como un hecho consumado que faltaba legalizar, siendo ignoradas las manifestaciones en contra de la medida, pero los “carapintadas”, no conformes volvieron a sublevarse en diciembre del 1990. Esta vez no obtuvieron el apoyo del interior de las fuerzas armadas y el presidente  contó con fuerzas para reprimirlos.

Las constantes sublevaciones inquietaban al conjunto de la oficialidad  que temía que la institución se viera debilitada por los periódicos quiebres de la cadena de mandos. Menem entonces decidió indultar a los a los miembros de las juntas militares en el Juicio de las Juntas (entre ellos a José Martínez de Hoz) y a los líderes guerrilleros.

Una serie de factores ayudaron a limitar la conflictividad militar –una serie de acuerdos con los países limítrofes y el fin de la Guerra Fría-.lo cual llevó al presidente a encarar nuevas funciones militares en el marco de las misiones internacionales de las Naciones Unidas.

A partir de ese entonces Menem pudo realizar una amplia reforma de las fuerzas armadas, que incluyó la reducción de cuarteles, sustitución del servicio militar obligatorio por un sistema de voluntarios profesionalizados y su inclusión en el marco de la reforma del Estado, con la privatización de las empresas que estaban bajo su órbita.

En 1993 el presidente pactó con Alfonsín una reforma constitucional consensuada (Pacto de Olivos). La nueva constitución agregó nuevos derechos y garantías a los ciudadanos e incorporó los pactos internacionales sobre DDHH, medio ambiente, tortura y pena de muerte, y discriminación racial y sexual firmados por el país. También las nuevas reformas que permitieron la reelección del candidato.